Problemas con win2000

Saludos iroxs, hace poco particione en dos mi disco duro, en una parte instale win98 y en la otra win2000, de pronto tuve problemas al iniciar win98, por lo cual desesperado formate la partición e intale nuevamente win2000, ahora tenia otro problema, al encender la computadora iniciaba con win98 directamente, un compañero me dijo que reinstalara win2000 y así lo hice, según con esto no perdía mis archivos, pero al iniciar ya no contaba con los programas anteriores, ni office, no se si se perdieron o que paso, por lo cual espero me puedas ayudar y orientarme en como puedo solucionar este problema o tengo que volver a instalar los programas, que debo hacer. Saludos y gracias.