Creo que a la hora de intentar instalar un sistema operativo es muy importante tener en cuenta un apartado que es fundamental y que ya conocerás tal vez con más profusión que yo, me refiero al sistema de archivos que utilice el sistema operativo, en el caso de Win98 se trata de FAT32, y si dispones de XP sabrás que al estar basado en el núcleo NT, su formato de archivos es NTFS, comento todo esto porque desconozco si al intentar instalar o 'cargar' Win98 en tu equipo, tenias otro sistema operativo previamente cargado, en caso afirmativo dicho S.O podría ser XP, es decir, que tal vez hayas intentado instalar Windows 98 en un ordenador con XP ya instalado y por tanto mezclar FAT32 con NTFS. Obviamente ni tu PC murió ni el disco duro tampoco, tan sólo se quedó sin un S.O funcional, creo que sólo tendrías que volver a formatear, e instalar luego el sistema operativo que desees. Para hacerlo en FAT32 bajo el entorno DOS (MS-DOS) de Windows 98 necesitas un disco de arranque, puede contenerse en un disquete, en un CD/DVD, o incluso en un pendrive o dispositivo USB. Gran parte de lo poco que sabia sobre el tema lo olvidé, pero es muy sencillo encontrar tutoriales en internet, por ejemplo el siguiente
http://www.odomera.com/2010/01/crear-un-disco-de-inicio-usb.html
Luego para instalar Windows 98, simplemente introduce el CD de Windows (también puede contenerse en un DVD o en un dispositivo USB cualquiera) y conjuntamente mantén el arranque inicial activo (disquet, o dispositivo USB) siguiendo estos pasos
http://www.destroyerweb.com/tutos/Formatear-instalar-windows/tutorial-formatear-windows.htm
Con Windows XP todo este proceso de instalación es mucho más sencillo, debido a que desde el mismo CD/DVD es posible formatear y administrar particiones de una forma mucho más simplificada del que permite MSDOS, y lo mismo ocurre en Windows Vista o 7. ESi tu equipo es un Pentium II 400 Mhz o un Pentium III a 700 u 800Mhz, tal vez te interese usar ademas de Windows 98, Windows XP, (se pueden tener los dos a la vez como sabrás, incluso añadirles Windows 7 y una instalación de Linux también)
http://www.configurarequipos.com/doc317.html
Para un buen desempeño de esta operación es necesario instalar primero Win98 y luego XP, nunca al revés. Windows XP dispone de versiones 'lite' o recortadas pensadas para máquinas antiguas, de esta forma el sistema operativo funciona mejor, más rápido. Y para más comodidad últimamente están proliferando las instalaciones lite por USB
http://ginuxx.blogspot.com.es/2008/04/windows-xp-lite-booteable-desde.html
La pregunta "Porqué format siempre recibe respuesta de comando invalido?", creo no entenderla bien, tal vez te refieres a que pongas la letra de unidad que pongas siempre te da error, como si la unidad no existiera, me figuro que tal vez las letras de cada unidad no estuvieran definidas (establecidas) o la unidad principal de arranque (Se supone que A:) no estaba lista/preparada, si estando en A: hacemos-->
cd C: (+enter) y nos da error significa que la unidad C: o no esta preparada o no existe, o es A: la que no funciona correctamente pero la verdad es que no recuerdo gran cosa de comandos de DOS ni del funcionamiento exacto del prompt. En cualquier caso siguiendo las instrucciones de los dos primeros tutoriales creo que lo conseguirás.
La opción Linux para máquinas antiguas es muy interesante porque Linux tradicionalmente es capaz de sacar más partido de un PC veterano del que es capaz Windows, no conozco demasiado Linux por lo que no soy el más indicado para opinar.