Cierre w98 se

Dado que ya has cargado el parche, el problema está en software residente o hardware. Respecto a este tema, y por lo extenso del mismo, te recomiendo que entres en la siguiente dirección y compruebes todos los pasos. http://www.microsoft.com/intlkb/spain/E238/0/96.asp?FR=0

Esto suele pasar cuando hay un dispositivo mal instalado.
¿Has mirado si hay en Panel de Control - Sistema algún dispositivo con la exclamación amarilla o alguna categoría de Otros dispositivos ( las interrogaciones de color amarillo )?
A veces, si hay algún dispositivo mal configurado no cierra bien.
Una solución para hallar el dispositivo que causa problemas, es ir desactivando el dispositivo ( desde las propiedades del mismo y no es necesario reiniciar ) y viendo si cierra bien.

Antes de nada: No he respondido antes porque he estado un mes fuera. Lo siento.
En cuanto a eso, solo puedo decirte que a mi me ha pasado en algunos ordenadores (incluso en el mio) y que desaparece al instalar algún programa más. Fíjate en los programas residentes que tengas y vete eliminándolos uno a uno antes de apagar a ver si detectas el que te provoca ese efecto.
Si no encuentras ninguno, la única solución que se me ocurre es que actualices los drives de todo lo que tienes en el ordenador (placa madre, tarjeta gráfica, etc...)
La verdad es que la mayoría de las veces se soluciona así. Pero hay algunos en los que simplemente no se soluciona. Y da igual que reinstales el sistema operativo. Sigue comportándose igual.

Actualizaste!
No es por nada pero yo prefriero reinstalar o instalar todo Windows, todo esta bien incluso tus archivos, pero el problema es que al actualizar se generan algunos conflictos internos que no puedes solucionar sino reinstalando.