Desinstalar sistema operativo

Tengo un equipo con dos sistemas operativos Win98 SE y WinXP Home. (Los dos son originales)
Agradecería que me indicaran los pasos a seguir para desinstalar Windows 98 SE ya que prácticamente no lo uso para nada y sin embargo ocupa sitio en el disco C:/.
He intentado desinstalarlo poniendo el CD original W98 y arrancando desde la opción W98 en modo seguro con símbolo del sistema pero me sale un mensaje diciendo que no hay memoria suficiente (y sin embargo el equipo tiene 2 Gb) que quite programas de AUTOEXEC.BAT o CONFIG.SYS y vuelva a reiniciarlo, apagándose después.
Como esos dos programas fueron creados automáticamente en el proceso de instalación y no han sido tocados desde que se instaló el SO he preferido no modificarlos.
El otro SO lo tengo instalado en el disco E.
Agradecido de antemano por la respuesta

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