Problema ficheros msi windows 2003 server

¿Ese error es por la distribución de ese MSI vía GPO Active Directory?
De no ser así e intentas ejecutar el MSI con "doble-click" desde el propio servidor, asegúrate de que ese MSI se haya descargado correctamente y de que poseas permisos de instalación en el servidor. Usa el msiexec para realizar un debug completo de la instalación y adicionalmente revisa el Visor de Eventos.
¿Supongo qué tienes antivirus actualizado en el propio servidor verdad? Algunos virus modifican los permisos del registro y de la carpeta System32 lo que impide las instalaciones. Algunos programas .exe no precisan de este requisito.

Buenas tardes,
el fichero da el error al ejecutarlo con doble click.
En cambio si lo ejecuto desde la consola de comandos con el msiexec /package funciona perfectamente.
El fichero es correcto y el antivirus es nod32 y está actualizado.
Saludos y gracias,

Ok. En tal caso debes reinstalar Windows Installer a la última versión. Te adjunto link:
http://www.microsoft.com/downloads/en/details.aspx?familyid=5A58B56F-60B6-4412-95B9-54D056D6F9F4&displaylang=en
Imagino que tu opción será la de 32Bits: WindowsServer2003-KB942288-v4-x86.exe
Ya me comentas y si te ha funcionado.

Buenas tardes,
ante todo disculpa el retraso, pero hasta hoy no hemos podido reiniciar el servidor.
Después de instalar el windows installer, sigue dando el mismo error.
Solo funciona ejecutando el msiexec desde dos.
Saludos,

Es decir, ¿has ejecutado la instalación del Windows Installer y te sigue fallanado no?
¿Cuándo ejecutas con doble-click lo haces desde una unidad de red? Lo haces usando la opción de "Ejecutar como...¿"?
Cuando te vuelva a dar el error pásame toda la info que te aparezca en el visor de sucesos referido a este error.

He ejecutado el fichero localmente con doble click, también lo he probado desde el intérprete de comandos con el ejecutar como... y nada, no funciona.
De hecho el mensaje de error sale casi instantáneo.
He estado mirando el visor de sucesos (previamente a la ejecución del fichero lo limpié) y no aparece nada. Solamente aparece este texto, pero no el visor de aplicaciones, ya que allí no se genera ningún tipo de error
Tipo de suceso: Aciertos
Origen del suceso: Security
Categoría del suceso: Acceso del servicio de directorio
Id. Suceso: 565
Fecha:        31/01/2011
Hora: 19:11:45
Usuario: GTC\Administrador
Equipo: SERVIDORGTC
Descripción:
Objeto abierto:
     Servidor de objetos: Security Account Manager
     Tipo de objeto: SAM_USER
     Nombre de objeto: S-1-5-21-4063331477-2663350127-3359214904-500
     Id. del identificador: 1558888
     Id. de operación:    {0,94232513}
     Id. de proceso:    460
     Nombre de proceso:    C:\WINDOWS\system32\lsass.exe
     Nombre de usuario principal: SERVIDORGTC$
     Dominio principal: GTC
     Id. de inicio de sesión principal: (0x0, 0x3E7)
     Nombre de usuario del cliente: Administrador
     Dominio de cliente: GTC
     Id. de inicio de sesión del cliente: (0x0, 0x5EE1C)
     Accesos        DELETE
            READ_CONTROL
            WRITE_DAC
            WRITE_OWNER
            ReadGeneralInformation
            ReadPreferences
            WritePreferences
            ReadLogon
            ReadAccount
            WriteAccount
            SetPassword (sin saber la contraseña antigua)
            ListGroups
     Privilegios -
     Propiedades:
---
    user
DELETE
READ_CONTROL
WRITE_DAC
WRITE_OWNER
ReadGeneralInformation
ReadPreferences
WritePreferences
ReadLogon
ReadAccount
WriteAccount
SetPassword (sin saber la contraseña antigua)
ListGroups
        General Information
            codePage
            countryCode
            objectSid
            primaryGroupID
            sAMAccountName
            comment
            displayName
        Account Restrictions
            accountExpires
            pwdLastSet
            userAccountControl
            userParameters
        Logon Information
            badPwdCount
            homeDirectory
            homeDrive
            lastLogoff
            lastLogon
            logonCount
            logonHours
            logonWorkstation
            profilePath
            scriptPath
        Public Information
            description
        Group Membership
            memberOf
        Change Password
        Reset Password
        %{7ed84960-ad10-11d0-8a92-00aa006e0529}
     Máscara de acceso: 0
Para obtener más información, vea el Centro de ayuda y soporte técnico en http://go.microsoft.com/fwlink/events.asp.

Todo un misterio... ya no sé por donde más guiarte. Me parece todo muy extraño, instalando el MSI 3.1 debería de haberse reconstruido todo. Imagino que no estarás dentro de ningún dominio con políticas aplicadas ¿verdad?
Ejecuta "gpresult" (sin comillas) desde MS-DOS y pásame los resultados.
¿Te falla cualquier instalador MSI?
¿El MSI que te falla ha sido descargado de una fuente oficial?
¿Tienes antivirus, firewalls, antimalware, etc activados?
¿Has probado ejecutar ese mismo MSI en otro equipo?
¿Has verificado si tienes todos los permisos sobre ese MSI desde sus propiedades/seguridad?
...

Muchísimas gracias por el enorme interés.
Te paso el gpresult:
Microsoft Windows [Versión 5.2.3790]
(C) Copyright 1985-2003 Microsoft Corp.
C:\Documents and Settings\Administrador.SERVIDORGTC>gpresult
Herramienta de resultados para la Directiva de grupos del
sistema operativo Microsoft (R) Windows (R) v2.0
Copyright (C) Microsoft Corp. 1981-2001
Creado en 03/02/2011 a 19:41:34
RSOP datos para GTC\Administrador en SERVIDORGTC : modo de inicio de sesión
----------------------------------------------------------------------------
Tipo de SO: Microsoft(R) Windows(R) Server 2003, Standa
rd Edition
Configuración del sistema operativo: Controlador principal de dominio
Versión del sistema operativo: 5.2.3790
Modo de Terminal Server: Servidor de aplicaciones
Nombre de sitio: Default-First-Site
Perfil móvil:
Perfil local:                        C:\Documents and Settings\Administrador.SER
VIDORGTC
¿Conectado a un vínculo lento?: No
Configuración de equipo
------------------------
    CN=SERVIDORGTC,OU=Domain Controllers,DC=gtc,DC=local
    Última vez que se aplicó la Directiva de grupo: 03/02/2011 a las 19:37:46
    Directivas de grupo aplicadas desdeservidorgtc
    Umbral del vínculo lento de las Directivas de grupo500 kbps
    Nombre de dominio:
    Tipo de dominio: Windows 2000
    Objetos de directiva de grupo aplicados
    ----------------------------------------
        Default Domain Controllers Policy
        Default Domain Policy
        Directiva de grupo local
    El equipo es miembro de los grupos de seguridad siguientes
    ----------------------------------------------------------
        Administradores
        Todos
        Servidores RAS e IAS
        Acceso compatible con versiones anteriores de Windows 2000
        Usuarios
        Grupo de acceso de autorización de Windows
        RED
        Usuarios autentificados
        Esta compañía
        SERVIDORGTC$
        Controladores de dominio
        Nt authority\enterprise domain controllers
        Servidores RAS e IAS
Configuración de usuario
-------------------------
    CN=Administrador,CN=Users,DC=gtc,DC=local
    Última vez que se aplicó la Directiva de grupo: 03/02/2011 a las 19:32:16
    Directivas de grupo aplicadas desdeservidorgtc
    Umbral del vínculo lento de las Directivas de grupo500 kbps
    Nombre de dominio: GTC
    Tipo de dominio: Windows 2000
    Objetos de directiva de grupo aplicados
    ----------------------------------------
        Default Domain Policy
    Los objetos GPO siguientes no se aplicaron porque fueron filtrados
    -------------------------------------------------------------------
        Directiva de grupo local
            Filtrar: No aplicado (vacío)
    El usuario es parte de los siguientes Grupos de seguridad
    ---------------------------------------------------------
        Usuarios del dominio
        Todos
        Usuarios de WINS
        Usuarios del depurador
        Administradores
        Usuarios
        Acceso compatible con versiones anteriores de Windows 2000
        NT AUTHORITY\INTERACTIVE
        Usuarios autentificados
        Esta compañía
        LOCAL
        Controladores de dominio
        Administradores de organización
        Admins. Del dominio
        Administradores de esquema
        Propietarios del creador de directivas de grupo
        GabinetTecnic
        Sergesprom
        Autenticación NTLM

Lo tienes todo bien y las políticas estándar aplicadas. El equipo y el usuario pertenece a los grupos correctos. Puedes resonderme a:
¿Te falla cualquier instalador MSI?
¿El MSI que te falla ha sido descargado de una fuente oficial?
¿Tienes antivirus, firewalls, antimalware, etc activados?
¿Has probado ejecutar ese mismo MSI en otro equipo?
¿Has verificado si tienes todos los permisos sobre ese MSI desde sus propiedades/seguridad?

Si falla cualquier msi; hemos probado con varios.
Si; funciona en otros pc's. Está descargado de la web de microsoft que me diste.
Si, pero los hemos desactivado y da el mismo problema. Tenemos el nod32.
Los permisos son totales.
Saludos,

Pues lamento no poder seguir dándote respuesta porque no se me ocurre nada más, quizá tengas defecuosos o corruptos algunos ficheros del SO o el registro y, sinceramente, vete a saber que puede ser.