No puedo instalar nada en Windows 2000 server

Cuando ejecuto una aplicación de distribución de una aplicación, para instalarla (es decir, ejecuto el setup.exe), el sistema no hace nada, y me deja un proceso abierto NTVDM.EXE, junto con el proceso setup.exe y el proceso wowexec.exe. Utilizo el sistema operativo Windows 2000 Server con SP3, como Administrador del dominio en Active Directory, y en principio no tengo ninguna restricción.
Por contra, sí puedo correr distribuciones de aplicaciones de 32 bits, como Office 2000/2002, o Macromedia Studio MX