2 windows en 2 discos

Pues sinceramente, considero que tu segundo sistema operativo tiene dañado ese archivo y lo que hacía era tomarlo del otro sistema operativo, ya que al arranque detectaba ambos sistemas operativos y "mandaba" en el arranque (o sea en la lectura del archivo ntldr) el que sí que lo tenía sin corromper, ya que este archivo se lee antes de mostrarte en pantalla el menú permitiéndote excoger cual sistema operativo quieres arrancar.
Por lo tanto y estando en SATA (aquí no hay tema de maestros/esclavos ni nada parecido), te recomendaría que repares el sistema operativo. Quitas el primer disco con windows y ya dejando que el PC arranque con el segundo, le metes el cd del sistema operativo. Cuando arranque y se cargue te dirá que detecta un sistema operativo y te dará la opción de repararlo.
Esta opción de reparación, no provocará nada en tu sistema ni en los datos que tienes en el disco duro, simplemente sustituirá las librerías de tu sistema operativo por las originales (entre ellos el archivo ntldr) y recuperarás tu sistema operativo.

Colega, es cuestión de escoger los archivos que se botean de cada windows, se me ocurren 2 formas.
1 - Con el windows que falla, instala los 2 discos duros, y te vas a inicio - ejecutar - escribes "msconfig" - te vas hasta la pestaña Gral - Inicio selectivo - después a las pestañas system.ini y win.ini y seleccionas TODAS las opciones (para que arranque con todo lo de tu maquina). Reinicias y pruebas que todo jale bien, si llega a jalar el disco incompleto de archivos, era solo cuestión de archivos botables faltantes.
2 - Mi PC, propiedades - pestaña opciones avanzadas - Inicio y recuperación - configuración - allí te aparecen los sistemas operativos predeterminados. Debes checar bien que las pestañas estén seleccionadas todas, esto es por defecto (aunque lo puedes perzonalisar). Reinicias y te das cuenta de nuevo si son archivos bot o es el OS que esta incompleto
Otra sería que metieras el disco XP y le pusieras reparar errores de inicio. Y el cd solo te va renombrando y poniendo archivos faltantes para que arranque tu OS normal
Suerte

Aver si entendí, tienes dos disco, ambos con xp y quieres que inicie cada uno indistintamente del otro, pero fueron instalados con el sistema operativo de uno mientras estaba funcionando el otro, ¿es así?, si es así los archivos de arranque los dispone el primer disco que es donde estaría seteado y disponiendo de las características de arranque del segundo disco para enviarle el comando para que pueda continuar con el proceso de inicio.
Ahora bien si deseas que cada uno lo haga separado del otro sin caer en una resinstalación, deberías utilizar software de terceros, pues el primer disco con solo editar el "boot.ini", te quedaría para que arranque él mismo, el problema es con el otro disco que no dispone de sector de arranque definido por la instalación de su propio XP pues las asoción con el arranque del otro disco cuando fue instalado, es por eso que se deberá disponer de un sistema de arranque de terceros pues windows para que lo haga, solo lo instala cuando hacés una instalación, no viene separado esa aplicación sola sino que está enbebido en el mismo sistema operativo
Existen muchos programas que realizan booteos de distintos SO, prueba el OSL2000 Boot Manager o Partition boot Manager, etc, sobre el disco que no te arranca, pero creo que esos sistemas necesitan detectar los datos que tiene el primer disco para setearse las condiciones de arranque (partición, sector, SO, etc)
Espero te haya servido. Contame como te fue.

"falta NTLDR..." indica que has retirado el disco que justamente tenía el arranque del sistema. Para recuperarlos, lo más sencillo es que arranques con el CD de instalación e indiques que "deseas reparar el sistema (R)". Cuando termine el proceso te encontrarás el PROMPT C:\> en una consola esperando que introduzcas algún comando.
Usa los comandos FIXBOOT y/o FIXMBR con los parámetros que de adapten a tu configuración para regenerar el sector de arranque y que se copien los archivos que faltan.