Comparar columnas y copiar coincidencias

Tengo dos matrices, una de 4000 filas y otra de 45000. Tienen una columna con el mismo tipo de datos y datos coincidentes.
Necesitaría comparar cada uno de los valores de la menor columna con la otra columna y con las coincidencias sacar una nueva matriz de ambas matrices.

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Esto lo logras con la función BUSCARV. Los pasos a realizar son los siguientes:
1. Haces una copia de la hoja donde tienes la matriz chica (por las dudas).
2. Cruzas la información con la fuinción BUSCARV, por ejemplo asumiendo que la columna a cruzar en ambas matrices sea la A.
En la primer columna libre que tengas de la matriz chica pone la siguiente fórmula:
=BUSCARV(A2;Hoja1!$A$2:$C$50000;1;0)
En mi caso busco el valor de la columna A en la columna A de la Hoja1 y traigo el mismo valor. Si deseas tomar otro valor de la matriz grande juega con la columna a devolver (tercer parámetro).
3. Aplica la función para las 5 mil filas.
4. Los registros de la matriz chica que no se encuentren en la grande tendrán el valor #N/A. Ahora la idea es borrarlos, para evitar problemas selecciona la columna, cópiala (botón de recho), y luego aplicas Pegado Especial / Valores (también con botón derecho) de esta manera tenemos valores mismos. Ahora puedes utilizar un autofiltro seleccionando los valores #N/A para borrarlos, u ordenas la matriz chica por la nueva columna de manera que te queden todos los registros con #N/A para eliminarlos más fácil.
Aquí tengo publicado lo que requieres pero está un poco genérico.
http://dataage.blogspot.com/2009/01/identificar-repetidos-unir-informacin-o.html
Si no manejas la función BUSCARV te recomiendo que también mires esto donde básicamente planteo los errores más frecuentes al utilizarla
http://dataage.blogspot.com/2009/01/como-utilizar-la-funcin-buscarv-o.html

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