Quitar archivos de una imagen iso

Hola, esoy metido en un proyecto, ya terminado, mediante el cual se puede modificar el disco de instación de windows para que se pueda instalar en un disco externo usb y funcione.
He extraído los archivos que necesitaba cambiar con isobuster, hasta ahí bien.
El problema surge cuando necesito eliminar los archivos extraídos y meter los modificados. No seoposibilidad de hacerlo.
Podrías de cirme como .
He pensando en win iso, que no está mal o en algún otro, preferiblemente gratuito.
Gracias de antemano.