Opción DMA

DMA son las siglas de Direct Memory Access (Acceso directo a memoria). La filosofía del DMA es acceder a memoria sin intervención del procesador central para transferir datos mientras el bus no esta siendo usado. Es decir, que un periférico pueda acceder a memoria sin usar el procesador. Al no pasar por el procesador, los accesos a memoria se hacen mucho más rápidos.
El rendimiento del disco duro mejoraría realmente, ya que se accedería más rápido a las posiciones de memoria y no se usaría tanta CPU. Aunque si esperas notarlo en el tiempo de espera a que se ejecute un programa, creo que no lo notarias.
Lo que si puedes hacer, para mejorar el rendimiento (y esto si que se nota), es hacer un defragmentado de disco. Esto tarda mucho en hacerse (según el tamaño de tu disco duro puede tardar muchas horas). Lo que hace es organizar la información que tienes esparcida por el disco duro (después de tanto borrar, instalar, desinstalar, etc.). De esta manera, cuando necesita acceder al disco duro, el proceso se hace mucho más rápido. Esto se nota, y mucho.
Y lo del mal funcionamiento es relativo. Tienes que tener en cuenta que eso depende del disco duro que tengas, de la placa base, etc. Si todo ello soporta que actives el DMA, funcionará de maravilla.
Aunque el verdadero problema está en que el DMA no ha evolucionado tanto como la velocidad de los procesadores, y quizá sea peor el remedio que la enfermedad. Yo te aconsejaría que no lo usases. Actualmente se ha substituido el DMA por el procesador (los llamados PIO mode).