Ayuda, perdí mis archivos

Hola, agradeciendo su apreciable ayuda expongo mi problema: Tengo un disco duro externo lo conecte sin prevenir que la pc al que lo conecte tiene virus, por lo que todas mis carpetas o directorios me los convirtió en accesos directos, ya en mi pc lo que hice, al ver que apareció un carpeta con nombre de recycler lo que hice fue darle suprim y automáticamente se borraron todas las carpetas, después la escanee con microsoft security,  escaneo las carpetas desaparecidas pero ya no las muestra de manera normal si no como carpetas ocultas, después al activar la opción de ver todas las carpetas y archivos ocultos tampoco me las deja ver, se que fue un virus que me las borro, hay alguna forma de recuperarlas? O algún antivirus que elimine este virus en el que convierte las carpetas en iconos de acceso directo? Ya que la memoria esta como si estuvieran ahí los archivos y las respectivas carpetas. La verdad se que cometí un error pero necesito recuperar toda la información ya que es de vital importancia recuperarlas, va de por medio mi trabajo, les agradecerá infinitamente si me ayudan a recuperar esas carpetas.