Si rooteo el teléfono, ¿Se borran fotos enviadas y recibidas de Whatsapp de forma definitiva?

Al rootear el teléfono lo restaurarás a los ajustes de fábrica y si las fotos de Whatsapp las tienes en la memoria principal del teléfono (no en la tarjeta de Memoria) se te borrarán.

En cualquier caso antes de hacer cualquier operación de este tipo te recomiendo que hagas siempre una copia de todo lo que hay en el teléfono y no quieras perder (fotos, videos, etc.).

No, ROOTEAR el móvil te permite tener permisos de super usuario sobre el sistema operativo para manipular las aplicaciones del mismo es decir eliminarlas moverlas a la sd entre otras. Lo que site borrarilas fotos del whatsapp seria flashear tu teléfono que es lo mismo que reinstalar el sistema operativo.