Por mi parte, tengo entendido que la Amitriptilina es más eficaz que la Fluoxetina en términos de 'rapidez' de acción, y quizás en general sea un poco más efectiva que la Fluoxetina. (Estimo que un 10/15%, aunque dependerá también de cada persona y su cadro individual)
En cambio, la Fluoxetina presenta menos efectos secundarios y es más tolerable por el organismo, imagino que por eso te la han recomendado. La única concesión es una menor eficacia, pero al ser una diferencia tan reducida y ser más saludable, la Fluoxetina sale mejor parada en una valoración global. Además, el menor riesgo al tomar Fluoxetina, puede posibilitar el tomar una mayor cantidad, frente a la cantidad administrada de Amitriptilina, lo que igualaría su eficacia con aquella.
En el siguiente enlace, refrendan en gran parte esta opinión
http://www.epistemonikos.org/es/documents/1545be2e81f80b5cbd1ed7e16a9db1de08cec628
En episodios de fibromialgia, es posible combinar Amitriptilina y Fluoxetina, ambas en dosis más bien reducidas. La Fluoxetina es combinable también con Perfenazina y Diazepam.