No, no lo creo si es un generador normal, y está bien, pero veámos que no sea diferente. El esquema eléctrico de la moto seria útil ¿Lo tiene, o puede proveerse de él?
Si no lo tiene y no puede conseguirlo ¿Cuántos cables salen del generador y van a parar al regulador? Y ¿Cuántos cables salen del regulador y van a parar a otro sitio como la batería?.
Si puede hágale una foto y me la envía.
¿Está seguro de que el generador está bien y no tiene ninguna derivación a masa? A veces no basta comprobar la continuidad.
Si el regulador es como pienso y le describí, quizá el problema pudiera residir en el fallo de contactos del conector. Si está quemado sustitúyalo por otro nuevo, o lo que es mejor, conecte los cables por medio de una regleta con tornillos, como los que se utilizan en las instalaciones eléctricas. Los conectores "fast-on" los utilizan los fabricantes para que el ensamble sea rápido, pero a veces fallan.
Quizá pudiera ser que alguna fase falle, y las otras se sobrecarguen el regulador. Las tres fases tiene que funcionar correctamente.