Me temo que no consigo recabar mucho más por el momento..
He leido que con la versión 2.1.3 (anterior), el problema de no poder reproducir .MTS desaparece (en el último post)
https://forum.videolan.org/viewtopic.php?f=12&t=115317
Le encuentro poco sentido, pero habría que probarlo en todo caso..
Lo que encuentro más factible para escapar de este problema es utilizar la capacidad (que ya no recordaba) de VLC para convertir/Pasar de un formáto de video a otro, partiendo de un mismo archivo,
http://fperles.com/blog/6-pasos-faciles-para-convertir-archivos-de-video-y-audio-con-vlc/
http://www.ehow.com/how_10011818_convert-avchd-vlc.html
Comprendo que en gran parte volvemos al punto inicial, porque comentaste que querías seguir con VLC y que además, cualquier otro formato usado al convertir el clip .MTS (como Avi o Mpeg), pierde calidad, quizá la perdida sea mínima si es VLC el que realiza la conversión, lo desconozco porque nunca lo he hecho.
¿Has llegado a probar este (o algún otro) paquete de plug-ins?, este en concreto dice ser compatible con .MTS
http://download.cnet.com/VLC-Codec-Pack/3000-13632_4-75862970.html
Esta resultando muy confuso para mi, porque por un lado se supone que VLC hace años que es capaz de reproducir este formáto, y otros de la misma familia
http://www.clubsnap.com/forums/showthread.php?t=420995
Pero al mismo tiempo, hay una enorme cantidad de personas en tu misma situación. Empiezo a pensar que podría deberse a una incompatibilidad concreta con algún codec que utilice la cámara, aunque no poseo experiencia ni formación en este tema como para poder opinar.
Si lo deseas, puedes formular la consulta a otro compañero o compañera, por tocar una segunda opinión.