Si no te he entendido mal tienes dos combos con los mismos datos pero el segundo se habilita cuando se ha seleccionado algo en el primero y no debe permitir seleccionar el mismo valor, ¿es así?
Siendo así se me ocurre la siguiente solución vía jquery:
Tenemos dos combos, uno con id materia y otro con id correlativa con sus respectivos valores:
<select id="materia">
<option>selecciona algo</option>
<option value="a">a</option>
<option value="b">b</option>
<option value="c">c</option>
</select>
<select id="correlativa" disabled>
<option value="-">selecciona algo del primer combo</option>
<option value="a">a</option>
<option value="b">b</option>
<option value="c">c</option>
</select>
El segundo como ves está disabled.
Para conseguir lo que quieres basta con capturar el evento change del primer combo, quitarle el disabled al segundo y ocultar la opción seleccionada en el primero:
$("#materia").change(function(){
' Mostramos todos los valores del segundo combo para limpiar la elección anterior '
$.each($("#correlativa option"), function(i,option){
$(option).show();
});
' Habilitamos el segundo combo '
$("#correlativa ").attr("disabled",false)
' Seleccionamos el valor por defecto '
$("#correlativa ").val("-");
' Ocultamos del segundo combo el valor seleccionado en el primero '
$("#correlativa option[value=" + this.value + "]").hide();
});
Te dejo también un ejemplo funcionando en jsfiddle:
http://jsfiddle.net/vfportero/2o47gbjr/1/