Factura con gatos comerciales y irpf

Buenas tardes.

Le vendo alimento a una empresa esta empresa me realiza una factura a mi nombre con la liquidación del producto que le he entregado después me paga con un cheque.

La factura esta formada así. 

Importe del producto 1000€

Realiza unos gastos Comerciales (se refiere a gastos de manipulación del producto que lo realizan ellos) 1000*10%

Realizan el IVA al importe que da resultado del precio del producto menos los gastos comerciales.

y el IRPF lo realiza sobre el resultado que da (Importe del producto menos los gastos comerciales mas el iva)

Como contabilizo esta factura y en que cuanta los pongo.

Gracias.