Cuando se habla de potencia de los amplificadores de audio, hay una gran confusión en los términos. Creo que le convendría leer esta página:
http://www.hispasonic.com/tutoriales/amplificadores-altavoces-mitos-leyendas/37301
En el que podrá apreciar que la potencia de 1000W de su amplificador, no significa que las extraiga electricamente de su fuente de alimentación, inclusive cuando suene al máximo.
La potencia eléctrica real que extrae un amplificador de su alimentación, siempre depende de la potencia sonora que entrega. Así su amplificador sonando moderadamente no extraerá mucha potencia de ella.
La potencia que puede entregar una fuente de alimentación de computador a 12 V, se puede conocer fácilmente multiplicando los 12 V por la corriente máxima que dirá su etiqueta.
Suponiendo que la corriente máxima sea de 10 Amperios, la potencia que puede extraer de ella es de 12 x 10 = 120W. Una potencia considerable, aún teniendo en cuenta que no toda ella el amplificador la transformara en potencia sonora.
La forma de saber si su amplificador y su fuente pueden trabajar juntos, se despeja simplemente probándolo. En ningún caso al amplificador podrá sufrir daño, y la fuente normalmente se protegerá a si misma si la carga es excesiva, bajando la tensión, y solo en un caso extremo se podría averiar.