Indícanos que sistema operativo tienes. (Windows XP, Windows 7/8, Linux).
Si se trata de Win 7 o Win 8, prueba a entrar en modo a prueba de errores
http://es.kioskea.net/faq/9424-windows-8-iniciar-en-modo-seguro
http://es.kioskea.net/faq/82-iniciar-windows-en-modo-seguro-a-prueba-de-fallos#simili_main
y si no dá resultado, sigue estos pasos
http://windowsespanol.about.com/od/ReparaProblemasDeWindows/ss/Reparar-Windows.htm
Tal vez dispongas del CD o disco de instalación de Windows (original o copia, creo que es indiferente), estos son los principales métodos que puedes seguir para reparar el problema
https://www.youtube.com/watch?v=z-bnNMi7LOU
http://windowsespanol.about.com/od/ReparaProblemasDeWindows/ss/Reparar-Windows_2.htm
Una opción de reparación más avanzada consiste en utilizar Linux Live, una versión del sistema operativo Linux ejecutable sin necesidad de instalarse en el disco duro, pudiendo acceder a los datos del disco duro y a los archivos de Windows para analizar qué archivos están dañados, o eliminar posibles virus. En este tutorial explican como hacerlo aunque es un poco laborioso ysupongo que se puede dejar como último recurso.
http://articulos.softonic.com/recuperar-windows-con-linux
Si quireres, aguarda la respuesta de otro compañero.