Facturas de tabaco legal o no

Buenos días, mi hermano ha iniciado una actividad de Cafés y bares categoría especial, y en estimación directa simplificada.

El mismo ha hecho todos sus impuesto.

Bien, el caso, es que revisando sus documento, me he topado con facturas por compra de tabaco, le pregunte que si las pagaba y me ha dicho, que no, que  dinero se lo llevaba el dueño de la maquina y el le hacia una factura por la comisión.

Por lo cual ambas facturas hacen parte de sus impuestos.

Pero, como se contabiliza esas facturas de compra, sino no aparece el pago de las mismas, basta con la factura de comisión ?

Particularmente, pienso que las facturas por compra de tabaco no deberían haberse hecho?

Si estoy en lo cierto, como puedo, solucionarlo, de cara a los tributos ?

Gracias de antemano por la atención