Una respuesta parcial. Las películas de 'imagen real' (con actores) rodadas en Tokio, puedes ver la práctica totalidad de ellas desde Wikipedia
http://en.wikipedia.org/wiki/Category:Films_shot_in_Tokyo
http://es.wikipedia.org/wiki/Categor%C3%ADa:Pel%C3%ADculas_rodadas_en_Tokio
Con Manga y anime, no soy capaz encontrar una medida tan exacta, lo cierto es que, puedes tener por seguro, que entre el 80 y el 90% de los anime se ambientan/localizan en Tokio o alrededores, es decir prácticamente siempre.
Estoy Googleando por "anime ambient in Tokyo"... casi sin resultados..
https://es.answers.yahoo.com/question/index?qid=20100706204546AATSg6k
Amplio el mensaje si encuentro más información.