¿Porque el margen entre estos dos documentos es diferente?

Documento 1: https://drive.google.com/file/d/0B2Q0u2LcrbSQSmY3WlJiYUdKSXM/view?usp=sharing

Documento 2: https://drive.google.com/file/d/0B2Q0u2LcrbSQU1F6TGQtTW5BLXc/view?usp=sharing

Hola, necesito que mi archivo final quede como en el Documento 1 pero en el documento 2 el margen superior esta un poco más abajo y se supone los margenes en ambos son de 2.5 cms. En el 2do documento es que llevo mi Tesis (más de 100 paginas) todas con el mismo problema al imprimir el documento.