Modelo 111 retribución en especie sin retención?

Buenas noches, me encuentro que he rellenado el modelo 111 con dos perceptores y sus rendimientos de trabajo pero el problema es que ahora sé que debo realizar la complementaria porque en su salario está incluido el pago de autónomos que se pone pero se resta, vamos que está incluido pero se paga directamente, mi problema es que ahora no se como rellenar la complementaria, si se que va en las casillas 4 5 y 6 pero en el importe a cuenta ¿que tengo que ponerle si solo se le retiene un 2% de irpf de la nómina? Esa es la parte que no me aclaro, si me podeis ayudar los agradecería.