Desgravar cuota autónomo en cooperativa Eroski

Primero decir que no tengo mucha idea en temas fiscales, así que no entiendo nada del tema. Pero mi duda es:

Mi mujer es socia cooperativista del grupo Eroski. Eroski paga su cuota de autónomo directamente. Y también parece ser que ya deduce directamente ellos dicha cuota de autónomos.

Cuando hacemos la declaración del IRPF vamos a delegación de Hacienda y nos la hacen porque no tenemos ni idea. Resulta que en Hacienda en la declaración deducen dicha cuota de autónomos porque no saben que Eroski ya lo ha hecho. En el T10 que suministra Eroski no sale reflejada pero como la S.S. Si tiene los datos pues en Hacienda la vuelven a meter.

Nosotros ni idea de que era así. Ahora resulta que se han dado cuenta y Hacienda nos reclama la diferencia positiva que nos da la declaración por deducir dicha cuota de autónomos en nuestra declaración (lo toman como ingreso en especia), cuando Eroski ya lo había hecho para sí.

1º ¿Puede el grupo Eroski deducirse para sí dicha cuota de autónomos? Tienen derecho ha hacerlo. Visto lo que esta pasando, no sería mejor que Eroski pague el valor de dicha cuota en salario y mi mujer pagar ella la cuota de autónomos. Sube el tramo salarial, pero luego deduces la cuota en tu declaración, no como ahora todos los beneficios fiscales se los lleva Eroski.

2º ¿se podría alegar algo ha Hacienda para evitar dicho pago? Entiendo que no, pero por si a caso.

3º La declaración en cuestión es del 2013 y me salio a devolver más en la conjunta que la individual, así que presente conjunta. Pero claro al corregir dicho defecto, ahora entiendo que saldría mejor individual que conjunta ¿podría reclamar en Hacienda que me hiciesen paralelas individuales de dicha declaración del 2013, en vez de la paralela conjunta que me han hecho ahora? Al no poderse deducir dicha cuota de autónomos creo que podría cambiar sustancialmente y que saldría más positiva para mi las individuales.