La nomina se declara como ingreso en el IRPF del autónomo

Mi marido es autónomo trabajador de cooperativa de transporte, cobra parte en nomina y parte en facturas, ¿al hacer el IVA y el IRPF hay que poner el importe de la nomina como ingreso? En la nomina ya le retienen IRPF por eso es mi duda, porque yo declaro solo las facturas que ingresa, la nomina pensaba ponerla en la declaración anual de IRPF, ¿lo estoy haciendo bien?