Está usted en lo cierto, el poder de succión de la campana extractora será más efectiva si lo tiene debajo en vez de lateralmente. Pero...
Debe tener en cuenta cómo funciona su campana: Por extracción (absorbe el aire y lo expulsa al exterior) o Re-circulación (pasa el aire, lo limpia y vuelve a circular).
Si es el segundo caso, apenas tiene importancia ponerlo en un lado o en otro ya que la campana se encarga de movilizar todo el aire de la cocina y lo hace pasar por el filtro para limpiarlo.
Eso si, no olvides que como eliminadora de humos es mucho mejor la extractora.
El mejor consejo lo recibirás de la empresa que te lo monte ya que podrá tener en cuenta aspectos como dimensiones de los fuegos, el espacio de la cocina y la frecuencia de uso.
En el caso de que vayas a montarlo tu mismo te recomiendo los siguientes cálculos para elegir la potencia del motor que necesitas:
$$\begin{align}&m^2 cocina * 12 rev/hora= m^3 motor\end{align}$$
Multiplica los metros cuadrados de la cocina por la altura de la cocina y el resultado que obtengas, deberás multiplicarlo de nuevo por 12 revoluciones/ hora, lo que es igual a los metros cúbicos (m3) de motor.
Por ejemplo, si tu cocina mide 15 metros cuadrados, y 2’60 m de alto, el resultado sería: 15 x 2,6 x 12 = 468 m3
Por lo tanto, para una aspiración mínima necesitarías una campana de 468 m3 por hora de aspiración. Sin embargo, siempre es más recomendable instalar una de mayor potencia de la necesaria.