Las SCP mercantiles pasan a tributar por IS en 2016. Cómo remunerar a los socios?

Estoy constituyendo una SCP, que tributará por IS en 2016. Tiene 2 socios trabajadores, participan al 50%, y ambos cotizarán como autónomos. Mi pregunta es cómo hacerlo para remunerarles. Entiendo que puedo confeccionar yo mismo las hojas de salario, e ingresar las retenciones mediante el 111, y que con esto bastaría. ¿Es así?