Primero una pregunta.
¿Le disteis imprimación al mortero antes de comenzar a pintar?
Un mortero de yeso proyectado, aunque a la vista quede todo igual, puede tener zonas más o menos hidratadas, y zonas donde el yeso quede más "graso".
Ese comportamiento natural del yeso puede hacer que varíe su capacidad de absorción. Para evitar ese efecto, lo normal es aplicar inicialmente una imprimación que prepara el fondo y que da una capa uniforme y transparente, para poder aplicar posteriormente la pintura sin problemas.
Si no le disteis imprimación, mi consejo es que la deis ahora y volváis a pintar. El problema debería de desaparecer.