Siento decirte que no hay una decisión correcta. No hay una mejor que la otra. Y si encuentras a alguien que recomienda efusivamente una de las dos marcas, desconfía de sus opiniones, no sabe muy bien lo que dice.
Son dos marcas en niveles muy parecidos, dos cámaras con prestaciones muy similares y pequeñas diferencias que son precísamente las que tendrás que valorar a la hora de decidirte por una de ellas.
Podría enumerar ventajas de Nikon, como que desde los años 60, sus objetivos son compatibles (aunque se les limite en funcionalidades como el autoenfoque). En el caso de Canon, su compatibilidad es aplicable a todos sus sistemas EOS. De todas formas esto no es ninguna ventaja o desventaja para alguien que compra su nuevo equipo. También podría enumerar ventajas de canon como que hay mayor facilidad para encontrar adaptadores de objetivos Nikon para equipos canon. Pero son todos matices de escasa importancia.
Si alguien te dice que una es más sencilla que otra, es mentira. Será mas facil aquella a la que te acostumbres, y habrá opiniones en las dos direcciones. Y así podría seguir...
Un buen criterio es elegir la mejor oferta. Cuando el precio no marca la diferencia, suelo decirle a la gente que mire a su alrededor. Amigos, familiares... ¿qué equipos usan? Podréis intercambiar elementos y accesorios, o incluso comprar/heredar alguno que ya no usen... es un punto importante para a igualdad de precio, elegir una u otra marca.
Cuando compré mi primera cámara, elegí Nikon porque ya había trasteado con dos SLR de amigos, ambas Nikon, había trabajado (poco pero algo) con equipos de esa marca, y a mi alrededor, amigos y familiares... una gran mayoría tenían equipos de esa marca. Pero bien podía haber sucedido al contrario.
En cuanto al precio de los objetivos, no es tan drástico como el caso que comentas. Los precios suelen ser parejos, y más afectados por ofertas puntuales que porque Canon sea drásticamente más barato. Unos objetivos son mas baratos en una marca, otros en otra. En promedio, los precios son muy similares.