Puedo filtrar mi pileta por el caño del limpia fondos?

Quería saber si puedo filtrar mi pileta por el caño en el cual se enchufa la manguera del limpia fondos, ya que la raíz de un árbol de mi vecino rompió el caño que va desde el skimer hacia la bomba. Y para que no se pudra el agua quería saber si podía filtrarla por ese caño o por el del fondo de la pileta.