Como contabilizar un TC1/31 y una nómina donde se descuentan cantidades pagadas en exceso en otro mes

Tuve un trabajador de baja por accidente laboral en septiembre de 2015 y al final el INSS en diciembre de 2015 concluyo que no era accidente laboral sino enfermedad común, por tanto, los seguros sociales estaban mal porque yo cotice por accidente laboral y ahora he tenido que hacer un TC1/31 para pagar a la seguridad social las cantidades correctas, esto no se como lo tengo que contabilizar, y luego por otro lado al trabajador le he descontado las cantidades cobradas erróneamente (es decir, como cobro por accidente laboral, ahora he sacado la proporción que cobro de más al concluir que fue enfermedad común y no se a que cuenta tengo que poner esa cantidad.

Haberme explicado bien.