Pagar renta por estar dado alta en 2 cuenta cotización diferentes

Mi empresas en el año 2015 me a tenido dado de alta en 2 cuenta de cotizaciones diferente, al solicitar el borrador de la renta me sale como si tuviera 2 pagadores (y por ello tengo que pagar) mi pregunta es, siendo la misma empresa (mismo cif, datos fiscales, etc..) solo que cotizado en cuentas diferente, lo cuentan como 2 pagadores o por el contrario seria un único pagador.