En los contratos temporales por obra y servicio, que puede era el que tenías, la Ley marca que por salario, pueden llegar a aplicar el mínimo del 2% aunque te toque pagar más. Ahora, llegando a finales de año, la empresa, debe regularizar lo que ha pagado por ti en IRPF ya que la Agencia Tributaria así lo estipula, que la empresa deberá siempre pagar lo mínimo para tú sueldo. Si durante el año has pagado 200 por IRPF y por nómina debes terminar el año pagando 500 E, imagínate lo que deberán quitarte cada mes para regularizar.
Lo mejor es siempre, sabiendo ya esto, pedir a recursos humanos si te ha pasado esto que te he explicado. Que al pasar de temporal a fijo, tú IRPF se ve obligado a calcularse y bien, y deben regularizar según la LEY tú IRPF.
Si no, es que se debieron equivocar en su día por falta de información. Tú en la AEAT puedes calcular que IRPF debes pagar en un año y que IRPF te saldría. En función de lo pagado hasta ahora, sabrás que te falta para llegar a ese mínimo.
https://www2.agenciatributaria.gob.es/wlpl/PRET-R160/index.zul