FIscalidad en la venta de un local comercial

Espero alguien me pueda aclarar la duda que tengo en cuanto a los impuestos a pagar por la venta de un local comercial.

Local adquirido en 2002 por 240.000 euros en el que se ha ejercido una actividad económica hasta el 2012 desde cuyo año se ha alquilado el local por el traspaso del negocio.

Ahora me ofrecen 650.000 euros por el local y me gustaría saber los impuestos que tengo que pagar como vendedor.

Tengo entendido que hay dos partes.

1.-Plusvalía municipal a partir del valor catastral y los años de propiedad. Me salen 40.000 euros a pagar en este concepto al ayuntamiento de Madrid.

2.- Declaración en el impuesto de sociedades por la ganancia patrimonial un 25%. Si compré por 240.000 euros y vendo por 650.000 habría una ganancia de 410.000 euros.

Ahora bien, estos 410.000 euros seria la base imponible que debo declarar y tributar al 25% pero... ¿a esos 240.000 euros de coste en 2002 puedo añadirle perdidas de la sociedad de 90.000 euros que arrastra la empresa? Y podría añadirle gastos generados por la compra como notaría, ¿sucesivas hipotecas sobre el local por la actividad economica etc?

En segundo lugar, ¿al precio de venta de 650.000 euros puedo restarle gastos como el pago de la plusvalía al ayuntamiento de Madrid por ejemplo?

Hay algún gasto que pueda sumar al precio de adquisición o restar el precio de venta para reducir la base imponible sobre la que declarar en el impuesto de sociedades? A esos 410.000 euros.

¿Si la ganancia la destinara a comprar una vivienda habitual habría algún tipo de deducción? ¿Y si la comprara para alquilar como reinversion de la sociedad?