Puedo pedir que me rehagan la declaración de la renta si olvidé meter deducciones?

Cuando hice la declaración de la renta de este año, se me olvidó meter una deducción por haber invertido en una empresa de nueva creación. Llamé por teléfono a la hacienda Alavesa y me dijeron que hiciera una instancia y adjuntara los documentos que no había presentado, así lo hice y a los pocos días recibí una notificación en mi casa diciéndome que no procedía porque tenía que haber presentado los papeles con la autoliquidación (ya que acepté la que me envió hacienda). ¿Es esto así realmente?. ¿Si me devolvieron el total de lo que me habían retenido vale para algo que presente los documentos de la inversión? Fueron 2000 euros, y no sé si al darme a devolver vale para algo la reclamación.