El problema no es el formato condicional, el problema es que tienes estas instrucciones:
Set TransRowRng = ThisWorkbook.Worksheets("Datos").Cells(1, 1).CurrentRegion
NewRow = TransRowRng.Rows.Count + 1
Lo que hiciste fue ampliar tu tabla1 en la hoja "datos" hasta la fila 1001. Entonces, lo que hace la macro es obtener la cuenta de filas en CurrentRegion, y la "región actual" abarca hasta la fila 1001, si 1001, le sumas 1, entonces NewRow es igual a 1002, y es ahí donde te guarda los datos.
Para no entrar en conflicto con CurrentRegion, cambié la instrucción por un Do while, para encontrar la primera fila vacía.
'MACRO PARA GUARDAR DATOS
'Antes de este macro se ejecuta el modulo 1
Option Explicit
Sub Captura_Datos()
'Act.Por.Dante Amor
'Declaración de variables
'
Dim strTitulo As String
Dim Continuar As String
Dim TransRowRng As Range
Dim NewRow As Integer
Dim limpiar As String
'
If ThisWorkbook.Sheets(1).Range("K9") = "" Then
MsgBox "Falta el folio", vbCritical
Exit Sub
End If
'
Continuar = MsgBox("Registrarlos datos?", vbYesNo + vbExclamation, "Captura de Datos")
If Continuar = vbNo Then Exit Sub
NewRow = 2
With ThisWorkbook.Worksheets("Datos")
Do While .Cells(NewRow, 1) <> ""
NewRow = NewRow + 1
Loop
'Guarda el folio en la primera casilla
. Cells(NewRow, 1).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("K9")
'guarda la fecha en la columna 2 en la hoja datos
.Cells(NewRow, 2).Value = Date
'Modelo
. Cells(NewRow, 3).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G11")
'Area en la que se presento
. Cells(NewRow, 4).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G13")
'Descripcion del defecto
. Cells(NewRow, 5).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G17")
'Numero de piezas
. Cells(NewRow, 6).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G15")
'Descripcion del problema
. Cells(NewRow, 7).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G9")
'NO DE JOB
. Cells(NewRow, 8).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("G19")
'Causa Raiz
. Cells(NewRow, 9).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("N15")
'guarda hacer, quien lo hara y status (estan combinados para que se muestre en la base de datos de tal manera
. Cells(NewRow, 10).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("T9")
. Cells(NewRow, 11).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AA9")
. Cells(NewRow, 13).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("T11")
. Cells(NewRow, 14).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AA11")
. Cells(NewRow, 16).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("T13")
. Cells(NewRow, 17).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AA13")
. Cells(NewRow, 19).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("T15")
. Cells(NewRow, 20).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AA15")
. Cells(NewRow, 22).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("T17")
. Cells(NewRow, 23).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AA17")
'guarda datos de fecha inicio y fin
.Cells(NewRow, 25).Value = Date
. Cells(NewRow, 26).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AD10")
'GUARDA 6 M´s
. Cells(NewRow, 27).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AE9")
'guarda participantes en el llenado
. Cells(NewRow, 28).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AF9")
'guarda recurrente
. Cells(NewRow, 29).Value = ThisWorkbook. Sheets(1). Range("AG9")
End With
'
MsgBox "Datos almacenados.", vbInformation, strTitulo 'mensaje de que los datos han sido guardados
Call Module5.incrementar
'Call Module5.EnviarCorreo
limpiar = MsgBox("Limpiar Celdas?", vbYesNo, strTitulo) 'mensaje de pregunta, limpiar celdas?
If limpiar = vbYes Then 'coloca respuesta
Call Module3.limpiar 'si es Si llama al macro limpiar, si es NO se queda igual
Else
End If
End Sub
'S aludos. Dante Amor. Recuerda valorar la respuesta. G racias