Cuenta acreedores con saldo deudor, Como saldar

Acabo de darme cuenta en la contabilidad de dos empresas (con todos los modelos de 2016 ya presentados, trimestrales y anuales), que tengo una cuenta de proveedores y otra de acreedores con saldo negativo (alrededor de unos 4.000€ cada una). Mi pregunta es la siguiente:

¿Cuál sería el mejor modo de proceder para salvar esas cuentas y también para la presentación del modelo 347?