Incapacidad laboral y nueva enfermedad. Podre seguir de baja o seria baja nueva

Llevo casi un año de baja laboral por cuenta propia y también por ajena por depresión, me despidieron de la empresa por lo cual me paga la mutua. Actualmente me están haciendo pruebas porque creen que me tienen que operar de hernia discal y estarán apunto para llamarme del tribunal medico, mi pregunta es si me dan el alta medica por este proceso y me llaman para operarme, ¿puedo pedir la baja medica y seguir cobrando o tendría que ponerme a trabajar y después volver a coger la baja por otro proceso? O bien seguir con la baja por proceso diferente.

Como tendría que hacerlo.