Administrador de empresa con 2 nóminas ¿Es correcto?

Tengo una duda al respecto de algo que está haciendo mi gestoría y que no entiendo muy bien.

Soy administrador de una S.L. Con más del 50% de propiedad (un 75% aprox.). A la vez que administrador soy trabajador, pues desempeño trabajos de obra al igual que el resto de empleados que tengo.

En las escrituras de la empresa pone que soy administrador con remuneración.

Con estos datos, la gestoría me hace una nómina de 500€ netos como administrador y me retienen 35% de IRPF y luego otra como trabajador por 1000€ y aquí me descuentan un 7% de IRPF más lo del desempleo, formación, etc.

Mi pregunta es: ¿Me están haciendo bien, lo primero, dos nóminas o solo debería tener una como administrador? ¿En el caso de que si pueda tener dos nóminas, porqué? Y por último, si ya pago mis autónomos, ¿Por qué de la nómina de trabajador, si está bien hecha, me quitan el desempleo, formación, etc., ya que no sé donde va a parar eso que se retiene pues no se paga realmente a la S.S.?

Se lo he preguntado a ellos, pero me hablan con tecnicismos y me dicen que es así, que llevan años haciéndolo, pero comentándolo con un compañero me dijo que le extrañaba mucho.