Controlar aire por conductos con relé: perjudicial?

Tengo instalador el aire acondicionado por conductos Fujitsu ACY 100 UIA-LM. En lugar de adquirir algún producto comercial para domotizarlo, que entre unas cosas y otras se me va por encima de los 1000€ he pensado programar algunas funciones básicas con una raspberry un par de sensores de temperatura y un relé, que corte la alimentación o la restablezca para encenderlo/apagarlo. Tambien me gustaría usarlo para controlar la temperatura en las diferentes salas. Es decir de día me interesa la temperatura en el salon y de noche en el dormitorio... Como tengo tiempo y me gusta la electrónica pues he pensado hacerlo yo mismo en lugar de comprar soluciones comerciales como digo...

Mi duda es si por conectar/desconectar la alimentación de forma "brusca" con un relé esto puede perjudicar a la máquina de aire. He buscado por si el aire tuviera algún interfaz de comunicación o algo que me permitiese realizar las acciones, pero la verdad no escuentro nada, tan sólo unos módulos de intesisbox pero que cuestan una pasta... También he pensado conectar la raspberry como si fuera un mando secundario pero claro, el protocolo de comunicación del bus de los mandos tampoco creo que sea conocido...