Cómo puedo usar la función contar.si.conjunto con celdas combinadas?

Las funciones toman los valores de cada celda... si una celda está combinada el valor mostrado realmente solo está en la celda superior izquierda del rango combinado...

A menos que sea un caso muy particular, directamente no se podrá trabajar con función CONTAR. SI sin modificar las celdas (en algunos casos se pueden usar fórmulas matriciales para "rellenar" las celdas vacías)

Lo recomendable para seguir trabajando con tu función sería, descombinar las celdas y rellenar los espacios faltantes... Esto último (rellenar los espacios faltantes) es sumamente fácil...

Por ejemplo:

Supongamos que tienes una tabla que se extiende desde A1 hasta D35.

En la fila 1 están los encabezados, y los datos de la columna A estan combinados cada 4 o 5 celdas... entonces realmente solo habrían valores en las celdas A2, A5, A7, A11, etc... por poner un ejemplo...

Para "rellenar" los espacios de la columna A... hay que

1) Seleccionar los datos de esa columna: A2:A35 (según el ejemplo)

2) Ir a formato de celdas y en la pestaña "Alineación" desmarca el check en "Combinar celdas"

3) Acepta, y con esas misma celdas seleccionadas, presionas "F5" (Ir a), luego "Especial", "Celdas en blanco", y entonces serán seleccionadas solo las celdas que están en blanco, según el ejemplo serían A3, A4, A6, A8, A9, A10, A12... etc

4) escribes             =A2       y presionas     Ctrl + Enter

Listo... con eso en cada celda en blanco se copiará el valor de la celda superior, y se rellenarán todos los valores faltantes...

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Otra opción completamente diferente (y en realidad mi preferida para estos casos), es convertir la tabla en Data y usando PowerQuery crear una consulta (nueva tabla) que realice el trabajo de completar las celdas, en blanco... PowerQuery tiene muchas herramientas, y "rellenar hacia abajo" es una de ellas.

Esto si desafortunadamente es un poco difícil de explicar por aquí.