¿Pueden sacarlo de la nomina?

Desde hace 6 meses mi empresa me esta pagando el kilometraje a 0,24cnt/km en la nomina. Nos ha llegado una comunicación que a partir de Septiembre este pago no se realizara por nomina si no por transferencia directa.

La pregunta es: ¿Pueden sacarme de la nomina este pago? Si es así mi nomina se vería mermada y ante una posible baja medica o un despido mi dinero tributado seria menor.