Vacía todo lo que puedas el depósito y las tuberías, luego llenas el depósito de agua limpia y añades cloro. Para hacer esto puedes usar salfumán (ácido clorhídrico) y lejía es muy barato pero muy poco aconsejable dado que se generará cloro gas donde hagas la mezcla y podría provocar la muerte si no esta bien ventilado o puedes usar unas pastillas de cloro que esto si que te lo aconsejo. Lo mejor es añadir las pastillas disueltas para asegurarte que el cloro actúa, una vez se estés seguro que el cloro se ha repartido homogéneamente por todo el depósito puedes abrir los grifos para renovar el agua con agua/cloro. Este agua no puedes beberla ni darle otros usos, incluso podría matarte las plantas si la usas para regarlas. Yo iría vaciando el depósito por diferentes todas las tuberías de la casa y dejando que actúe, si puedes aprovecha la noche para dejarlo actuar en el deposito y en las tuberías. Luego acaba de vaciar el depósito y acláralo varias veces purgando por todas las tuberías asegurate que el agua no sabe ni huele a cloro antes de usarla.
En principio si haces esto no debería pasar nada. Para saber la dosis normalmente te indica la caja que dosis usar y para que. Léete bien el prospecto de las pastillas de cloro e informate donde las compres, explicales tu problema.