Como quitar mal olor y limpiar agua de una cisterna de 2 m3.

Tengo una cisterna de 2 m3, el problema es que casi no llega el agua, por lo que conecte una bomba a la toma de agua de la calle que llega a mi casa y la deposita en la cisterna, el problema es que llega muy sucia y apestosa, por medio de otra bomba sube al tinaco y de ahí se distribuye en el resto de la casa y ahí tengo un filtro pero al parecer no ayuda mucho