Cancelación de saldos cuenta cliente años anteriores.

Le leo en muchas de sus respuestas de este foro. Mi duda se encuentra en que tengo 3 cuentas de clientes con su respectivas facturas y pagos en contabilidad de año 2015 y 2016, pero en este año 2017 mi cliente me comenta que esas facturas que le emitimos a estas 3 empresas realmente es sólo UNA empresa (y en el departamento de administración de mi cliente emitían las facturas diferenciando entre 3 CIF distintos como si de 3 sociedades distintas se tratasen).

El problema lo tengo en este año 2017 para regularizar esas cuentas y que me aparezcan todas las facturas y cobros (a ser posible) en la cuenta correcta de la sociedad que estamos hablando.