Extraer datos únicos de dos hojas Excel.

Se puede hacer usando un filtrado directamente a la memoria de la PC pero lo que no me queda claro es esto, una vez filtrado por el folio que datos quieres extraer de ambas tablas además del folio. Solo ocupas los nombres de la tablas, un contenedor new collection y dos for next con esto sacas los folios únicos, si es todo lo que ocupas pues es fácil de hacer.

La manera más fácil sería crear una tercera tabla, en donde, en la primera columna estén los número de factura de la primera tabla, y en la segunda columna los número de factura de la segunda tabla... solo eso

Luego seleccionas esta tabla de dos columnas y le poner formato condicional para ver los valores duplicados (en el menú estará mal traducido como "duplicar valores").

Lo que veas resaltado esta en ambas... lo que veas sin marcar en una u otra columna, solo figura en una u otra tabla... si quieres extraer algo de allí, filtra por color y luego copia y pégalo pero en otra hoja... Si después quieres el resto de información usa buscarV para recuperar la información... o utiliza la copia de esa columna filtrada como criterio en tu filtro avanzado (que veo que conoces).