Donde pagar el Impuesto de sucesiones al estar empadronado en una residencia de ancianos.

Ha mi padre le empadronaron en la residencia de ancianos para faciltar la asistencia médica, su domicilio habitual estaba en otra comunidad distinta a la de la residencia, ha fallecido y ahora nos dicen que tenemos que presentar el ISD en la comunidad donde estaba empadronado por llevar más de tres años en ella. ¿Qué problemas nos puede suponer esta situación a la hora de presentar el ISD?