Paro estando de baja por enfermedad

Os escribo porque tengo una duda...

Llevo desde septiembre de baja por enfermedad, pero previamente puse una demanda a la empresa solicitando la extinción del contrato por retrasos continuado e impagos en las nóminas. La cosa, es que el viernes 17 tuve el juicio y antes de entrar la empresa me dió lo que reclamaba, la extinción con su correspondiente indemnización improcedente. La abogada de mi jefe me dijo que en esta semana que entra me mandarían por mail los papeles para que pudiera arreglar el paro y mi duda es esa, ¿puedo apuntarme al paro estando de baja? ¿Es verdad que estando de baja el paro no corre y que por lo tanto si estoy 5 meses mas de baja, por ejemplo, son 5 meses que me pagaría la Seguridad Social y el paro estaría intacto? Si es así, ¿Qué tengo que hacer para informar a la SS de que me paguen o tengo que hacer algo?

Por otro lado, la empresa me debe el mes de octubre ( ya estaba de baja ) llame a la mutua y me dijo que me pagaba la empresa pero que luego se lo descontaba de los seguros sociales, en lugar de la SS pagarselo a la empresa para que esta me lo ingresara a mi, en el juicio no pude reclamar esta cantidad puesto que en la demanda ( realizada en julio) no estaba indicado esto, y me dijo la abogada que para reclamarlo tendríamos que aplazarlo todo y no quise por un sueldo, pero claro me da rabía que se quede con un sueldo mio y mas cuando seguramente la SS ya se lo ha pagado a ellos y por lo tanto lo han pillado por dos lados, ante esto, ¿puedo reclamarlo en la Seguridad Social?.