Random forest en epistasis datos de caso y control

Estoy tratando de ver como se hacen las tablas para ingresar los datos en el programa random forest

Tengo 500 casos y 480 controles, 49 snp ( estudio de epistasis o asociación )como tengo que distribuir los datos ( hacer las tablas), eh estado buscando pero no encuentro nada alguien me podría ayudar