Ese tipo de mensajes puede salir por varias razones, siendo las más comunes las siguientes:
1- Tu equipo tiene poco RAM (o RAM destinado a "ciertos" programas), un procesador no muy rápido y/o te queda poco espacio en el disco duro.
2- Se ha alcanzado el límite de formatos, y otros, permitidos para un archivo de Excel
3- El archivo/libro, a pesar de ser del tipo binario de Excel, tiene un exceso (sin haber alcanzado necesariamente el límite) no de datos, sino de formatos/fórmulas ¿cómo es eso? En general muchas personas tienen la "mala"costumbre de dar formatos en exceso; por ejemplo, si tiene datos en el rango "A1:A1000", en lugar de dar color de fondo (trama) a ese rango, sombrean/eligen toda la columna "A" y le dan formato. Multiplica eso por varias columnas y celdas. Eso "engorda" el archivo ("pesa" más megas) y o vuelve lento y consume más memoria. Y no solo ocurre con los formatos. Por ejemplo ( y no digo que necesariamente sea tu caso) tienes 40,000 filas y has comentado que con fórmulas en varias columnas, entonces, quizá tienes esa cantidad de filas pero como esperas seguir llenando datos, quizá tus fórmulas están hasta la fila 100,000. El exceso de vínculos también da el error mencionado. Y así una cantidad de ejemplo. Esas cosas, como ya comenté, vuelen lento el archivo y se necesita más memoria.
Por lo que comentaste tienes cerca de 4 millones de celdas llenas, pero a pesar de eso, sería muy raro que te ocurra el problema solo por dichos datos. Igual no olvidemos que Excel es una hoja de cálculo y no un sistema gestor de base de datos.
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Abraham Valencia